无论是新建、改建或者扩建实验室建筑，都是一个非常复杂的过程，需要建筑师、项目工程师与使用方共同完成，分为三个阶段:概念设计、大纲设计、细节设计。

一、概念设计

在概念设计阶段，设计者应当决定工程的总体目标和方向，通常涉及以下一些问题:

（1）洁净实验室建筑的总体目标。

（2）建筑外观要体现的风格与文化。

（3）建筑物的结构与面积。

（4）办公区与实验区的位置。

（5）建筑涉及的系统工程。

（6）估算工程的预算。

二、大纲设计

在大纲设计阶段，设计者与使用者就以下问题进行沟通并达成共识:

（1）洁净实验室工作人员数量。

（2）洁净实验室的工作流程。

（3）洁净实验室的功能与数量。

（4）洁净实验室模块的尺寸。

（5）洁净实验室的空间标准。

（6）洁净实验室的环境要求。

（7）楼层的平面布局。

（8）与实验室模块相协调的建筑布局。

三、细节设计

在细节设计阶段，以下细节将全部被决定:

（1）实验室建筑的所有规划细节。

（2）实验室家具与配件。

（3）实验室仪器设备。

（4）洁净实验室系统工程。

（5）全套设计施工图纸。

（6）造价报告书更新。