对于药厂设计来说，实验动物房的空调净化系统要解决的两个主要问题是:

防止交叉感染和臭气的扩散。为维持洁净室室内空气的新鲜和清洁，需要向实验动物房送入大量的空气。维持室内洁净度主要是对室内空气中的微生物进行控制维持；室内空气的新鲜主要是去除臭味。实验动物设施的污染源，除微生物外，还有氨、硫化物等发臭物质。恶臭的来源除动物排泄物本身外，还有因微生物作用引起二次变化的挥发物。一般说，动物的洁净等级越低，动物房的臭气浓度越大。动物的臭气对同类动物影响不大，但会使其他动物感觉不适，而且，对正常的实验和饲养工作有一定影响。因此，动物房应尽可能保持空气新鲜，一般要求氨浓度在14mg/m3以下。

我国《实验动物环境及设施》中要求:在药厂设计中，当实验动物设施采用亚屏障系统、屏障系统和隔离系统时，室内换气次数为10～20次/h。美国实验动物房主要的参考标准ILAR指南和 ASHRAE手册推荐的动物房换气次数为10～15次/h。这一推荐值主要是基于对室内气味的控制要求，一般都超过维持室内热、湿平衡和空气质量中的其他参数所需的空气量。实验动物房室内得热量的一个重要因素是动物的发热量。动物的发热量与笼具的大小（即引起动物运动量变化的因素）、活动状况（包括进食运动睡眠等状态）和动物大小（同种动物因体重不同而引起的差异）有关所以，实验动物的发热量，如果作为设计参数提出是相当困难的。实验动物房的换气量除维持室内热湿平衡外，还需要满足维持室内气压、气流分布及空气质量的要求。通常依据室内气味控制要求确定的换气次数，一般都能满足其他空气参数对换气量的要求。

实验动物房的臭气也是腐蚀空调设备和建筑设施的主要因素。在药厂设计中为防止发臭物质的蓄积，实验动物房的空调净化系统一般采用全新风方式。采用全新风方式也有利于防止交叉传感。即使采用回风（这种方式在实验动物房的空调净化系统中慎用），回风必须经过净化处理，清除其中的微生物和臭气，而且，新风量应占总风量的50％以上，以大于总风量的2/3为好。

由于实验动物房的空气处理系统一般采用全新风方式。因此对于药厂设计来说，原则上空气处理系统应设置热回收设备，同时，安装脱臭装置，阻挡臭气倒流，防止臭气腐蚀空调系统。但由于实验动物房排风污染较严重，热回收设备的价格有较贵，并占一定空间，所以，在实际工程中很少对能量进行回收。